Tytułowy Naznaczony, Tadeusz Kral (Piotr Adamczyk), prowadzi niemal idealne życie. Ma piękną żonę Milenę (Anna Dereszowska), cudowną córeczkę Natkę (Julia Wróblewska), pasjonującą pracę w szkole, szacunek współpracowników i sympatię uczniów. Nie wie jednak, że los szykuje dla niego mroczne niespodzianki… Jego życie zmienia się diametralnie w dniu, gdy z rodziną wybiera się w rejs statkiem na Bornholm. Tuż przed wypłynięciem okazuje się, że Tadeusz musi wrócić w pilnej sprawie do Warszawy. Jego żona i córka postanawiają jednak kontynuować wycieczkę. Wkrótce potem Tadeusz dowiaduje się, że statek, którym podróżowały Milena i Natka, zaginął na morzu w czasie sztormu. Śpieszącego na ratunek rodzinie matematyka zaczepia tajemniczy Nieznajomy, zapowiadając, że właśnie nadszedł czas zapłaty za dawne grzechy.
„Naznaczony” to niezwykła historia człowieka, który dopiero w obliczu niebezpieczeństwa pozna siłę swojego charakteru. Kiedy w życie Tadeusza wkroczy tajemniczy Nieznajomy, jego perfekcyjny świat zostanie zagrożony. Wspomnienia z przeszłości, od których tak bardzo chciał uciec, wrócą ze zdwojoną siłą. Kral będzie musiał oczyścić swoje sumienie i wyplątać się z matni kłamstw. Wszystko po to, aby ochronić siebie i najbliższych. Najważniejsza walka, którą stoczy, to pojedynek z siłami niewyobrażalnymi dla zwykłego śmiertelnika. Czy te moce uosabia Nieznajomy? Kim jest tajemniczy mężczyzna w czarnym kapeluszu, który patrząc na człowieka,potrafi zajrzeć do najgłębszych zakamarków jego duszy?
Historia Tadeusza splata się z losami innych bohaterów serialu. W każdym odcinku poznajemy ludzi, w których życie wkracza Nieznajomy. Przypomina im stare grzechy. Muszą oni zmierzyć się z własnym sumieniem i konsekwencjami czynów, które niegdyś popełnili.
"Naznaczony" to serial o heroicznej walce samotnego bohatera, który mimo lęku, a czasem bezradności wobec niezwykłej mocy przeciwnika, nie poddaje się i stawia mu czoło. To wciągająca opowieść o tym, że człowiek dopiero w sytuacjach ekstremalnych ukazuje swoje prawdziwe „ja”.
W serialu dzieją się rzeczy, które nie powinny mieć miejsca, a jednak...
Sytuacje, które wymykają się ludzkiemu rozumieniu istnieją naprawdę. Można w nie wierzyć lub nie. Paranormalne zjawiska, pojawiające się znamiona na ciele, niewytłumaczalne zaginięcia oraz tajemnicze liczby. Zdarzenie goni zdarzenie, a grzech przynosi karę. Wydaje się, że żaden z bohaterów nie może czuć się bezpiecznie. Rzeczą ludzką jest przecież grzeszyć…